众所周知,Mac OS 上的科研软件是不多的,尤其是比较专业的软件。最近无意间发现一款化学/生物结构的 3D 建模软件 SANSON,由 OneAngstrom 开发,可以原生支持 Mac OS,而且基本功能(Starter 版本)是免费使用,功能强大。可以说是 Chemdraw 3D 的平替。
一、简单介绍 #
话不多说,先上界面图:
软件更新很及时的,我下载的就是2025 R1 (7.0.0) 版本。整体界面和 Windows 风格差不多:
1)顶部菜单栏:主页、编辑、选择工具、可视化设置、界面设置、帮助文档。
2)左侧 Document View :对分子结构的元数据进行展示:原子和键的信息。
3)中央工作区:当前选中的分子结构的3D模型。
4)底部快捷工具栏:一些快捷工具按钮,用于快速访问常用功能。
5)右侧是一些多样的功能窗口,常驻的是分子结构资源库,可以直接将分子结构添加到中央工作区。除此之外,还会有 SANSON AI 工具,Python Console (暂时不知道脚本可以干嘛)等等。
我使用这个软件主要是用来分子建模,预优化分子结构,用于后续的 Gaussian 计算。这个不能像 Windows 下 Chemdraw 和 Chemdraw 3D 连用(也就是 Chemdraw 绘制的结构直接粘贴过来)。但是可以在 Chemdraw 中将绘制的结构另存为 .mol 格式(MDL Molfile V3000)。
然后使用 SANSON 软件打开刚才 Chemdraw 另存为的 .mol 文件,先点击 Add hydrogen ,将结构加上 H 原子,然后再点击 MInimize 优化结构构象。另存为 pdb/mol2/xyz 就可以得到分子的笛卡尔坐标了。
补充一下,在没有发现这个软件之前,Mac OS 建立分子 3D 结构我用的 openbabel 软件,在 Mac OS 终端里将 .mol 文件转为 pdb/mol2/xyz ,openbabel 软件也支持 Add hydrogen 以及利用分子力场优化结构,但是没有可视化窗口,不太直观,也不方便调整结构细节。SANSON 可以说是很好的补充了。
二、获取方式 #
1. 注册账号 #
注册网站:https://www.samson-connect.net/signUp ,填写名字、邮箱、密码、使用 SANSON 原因(随便填,我就填了一个 build molecular)
申请完账户还会给你 1 GB 的云文档使用空间,不过我没用过。申请结束后在网站的右上角会显示你的账户名称,鼠标移动到上面选择 Setting,然后就可以看到你的邮箱 和 SAMSON Key 了,SAMSON SDK Key是开发者用的,我们不用管。
2. 下载应用 #
在网站最右上角有 Download,会自动下载你所在的平台安装包,Mac OS 下载的就是 SAMSON-Setup.dmg 格式,双击打开 dmg ,然后不用着急将安装包 拖到 应用文件夹中(安装包只有 14 MB 肯定不是主程序),直接双击这个程序,程序会自动下载所有文件到 应用文件夹下的。期间会让你输入 邮箱地址和 SAMSON Key
三、补充 #
SAMSON 软件使用指南:https://documentation.samson-connect.net/users/7.0.0/
这个软件高级版也是贵的离谱,Ensemble 版本 ¥4,829.41 / 月,这里放个图:
Professional 版本:可以添加一些免费的扩展,100 GB 的云空间、高级权限管理等等
Ensemble 版本:
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AutoDock Vina Extended、GROMACS Wizard、OpenMM Wizard 等专业分子设计工具。
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SMILES Manager、Hex蛋白-蛋白对接、正常模式高级分析等高级分子建模工具。
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Conformer Creator、配体路径查找器、蛋白质路径查找器等高级分子结构分析工具。
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IM-UFF、Brenner相互作用模型、晶体创建器等高级分子模拟工具。
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石墨烯图像分析器、TMD图像分析器等高级材料科学工具。